秘境是获取饰品和忍具的关键，这两个装备对于战力的增幅很大。它位于游戏主界面的“忍者挑战”区域，点击进入后，在次级页面中就能看到“秘境探险”的独立入口，通常位于试炼之地侧边。需要注意的是，参与秘境探险有明确的等级门槛，玩家角色必须达到32级才能解锁该功能。此外这是一个强制要求组队参与的玩法，系统会自动为你匹配队友，当然你也可以主动邀请游戏中的好友一同挑战。

秘境玩法包含六种主题各异的副本，分别是烈炎、毒风、雷霆、水牢、阴阳和落岩，每种副本都有其独特的关卡机制和强大的BOSS。例如在烈炎秘境中，BOSS会频繁召唤分身，需要队伍成员及时集火清除。阴阳秘境则考验团队配合，需要攻击与队友身上光环颜色相对应的忍偶，攻击错误目标将无法造成伤害。落岩秘境要求玩家利用BOSS技能破坏特定石柱，并在陨石砸落前快速击破石像。不同的主题要用不同的打法，因此组队默契也是至关重要的。

强烈建议优先选用那些能为团队提供强力增益效果的忍者，例如能够为队友恢复生命百豪纲手。成功通关秘境后，将获得忍具、饰品以及其他重要资源，首次通关秘境还能解锁额外的成就奖励。为了方便玩家日常获取资源，在当天手动完成一次秘境挑战后，后续可以使用秘境挑战券进行扫荡，快速重复获得奖励。